A Direção era composta pelo presidente e por dois ou quatro diretores, representava e administrava a Associação, reunia mensalmente e tomava posse perante o presidente da Mesa da Assembleia Geral. Os membros da Direção podiam ser reeleitos e o presidente do INESLA era, obrigatoriamente, um professor doutorado.

As suas competências eram as seguintes:

“a) Administrar os bens do INESLA e dirigir a sua atividade podendo constituir comissões, celebrar contratos, admitir e dispensar pessoal permanente e colaboradores, assegurando a gestão de todos os recursos humanos e a respetiva disciplina;

b) Constituir mandatários, os quais obrigarão a associação de acordo com os respetivos mandatos;

c) Elaborar e propor à Assembleia Geral a orientação estratégica, os planos e os orçamentos anuais de atividades;

d) Ouvida a Comissão Científica, promover a realização de cursos e de estudos e atividades de investigação sobre o Litoral Alentejano;

e) Promover outras atividades que se enquadrem no âmbito do seu objeto;

f) Celebrar convénios ou protocolos com outras entidades nacionais ou estrangeiras;

g) Ouvida a Comissão Científica, decidir sobre a admissibilidade de estudos, projetos ou serviços solicitados ao INESLA, bem como designar o responsável por cada um deles;

h) Aprovar a criação das estruturas ou unidades internas, adequadas ao bom funcionamento do INESLA;

i) Elaborar o relatório anual de gestão e as contas do exercício, planos anuais e plurianuais de investimentos e praticar os atos necessários à boa gestão do INESLA e submetê-los à aprovação da Assembleia Geral;

j) Propor à Assembleia Geral os montante e a natureza das comparticipações dos associados, bem como as suas alterações;

k) Elaborar ou promover a feitura ou alteração de regulamentos internos;

l) Representar o INESLA em juízo e fora dele”.