Devido à ausência de documentação, desconhece-se a data da erecção desta Irmandade, bem como as respectivas normas de organização e de funcionamento. De acordo com o livro de receita e despesa, o conceito de “irmão” confundia-se com o de “devoto”. Do registo das receitas não constam quaisquer liquidações referentes a quotas ou a ofertas de esmolas para a entrada de irmãos. Se os irmãos não se distinguiam dos devotos da Senhora da Saúde, é possível que a Irmandade não possuísse Mesa e Assembleia, permanecendo sob a dependência da fábrica da Igreja. Os devotos podiam apenas assumir as funções de depositários dos bens e de mordomos da Irmandade.
O depositário dos bens, eleito pela comissão fabriqueira da Igreja de Santa Margarida da Serra, era responsável pela recolha de esmolas; pelo empréstimo de dinheiro e cobrança dos acréscimos; pela prestação de contas ao pároco, ao juiz da fábrica e ao depositário que lhe sucedesse, bem como aos contadores do Mestrado de Santiago e aos visitadores do Arcebispado de Évora; pela aquisição de ornamentos para o altar da Senhora da Saúde e pelo rebanho de vacas da Irmandade. A partir de 1747, a eleição para este cargo passou a realizar-se trienalmente.
As actividades religiosas principais da Irmandade consistiam nas orações, nas festas e na ornamentação do seu altar.